分岐は２パターンで、分岐シナリオにて主人公の所属する部隊を選ぶ。
対ドアクダー
分岐選択肢「ドアクダー打倒部隊を選択する」を選択した場合に進む。母艦はＮ‐ノーチラス号。
【対ドアクダールート参加メンバーの原作一覧】
- 無敵鋼人ダイターン３
- 聖戦士ダンバイン
- 魔神英雄伝ワタル
- 勇者特急マイトガイン
- コードギアス 反逆のルルーシュ Ｒ２
- マジンカイザー
- 真マジンガー衝撃！Ｚ編
- クロスアンジュ
- 天元突破グレンラガン
- ふしぎの海のナディア
第３０話「正義と友情と」
第３１話「ネモの秘密」
第３２話「過去からの亡霊」
第３３話「白き翼」
第３４話「ビヨン・ザ・トッド」
対ミスルギ
分岐選択肢「対ミスルギ部隊を選択する」を選択した場合に進む。母艦はメガファウナとシグナス。
【対ミスルギルート参加メンバーの原作一覧】
- 機動戦士Ｚガンダム
- 機動戦士ガンダムＺＺ
- 機動戦士ガンダム 逆襲のシャア
- 機動戦士ガンダムＦ９１
- 機動戦士クロスボーン・ガンダム
- 新機動戦記ガンダムＷ
- Ｇのレコンギスタ
- バディ・コンプレックス
第３０話「胸の中の嵐」
第３１話「ふたりの絆」
第３２話「金星から来た災い」
第３３話「シャアの迷い」
第３４話「完全な世界」